На территории Агинского Бурятского округа органы местного самоуправления начали создаваться в соответствии с Постановлением правительства ДВР от 17 января 1921 года «О признании аймачных (уездных) управлений, хошунных и сомонных (волостных и сельских) комитетов местными органами Бурят-Монгольского самоуправления».

Агинский район образован в 1941 году Постановлением Президиума Верховного Совета РСФСР от 16.01.1941г. № 616/207 в составе Агинского Бурят-Монгольского национального округа с центром село Агинское. В состав Агинского района вошли сельские Советы: Ага-Хангильский, Анинский, Будаланский, Зугалайский, Кункурский, Могойтуйский, Судунтуйский, Урда-Агинский, Уронайский, Ортуйский, Аргалейский, Цокто-Хангильский, Хара-Шибирский, Хойто-Агинский и Цаган-Ольский. А также 33 колхоза, 3 МТС, 260000 поголовья скота. Посевная площадь составляла 31046 га.

Впервые выборы народных депутатов трудящихся Агинского районного Совета состоялись 23 марта 1941 года, а уже 26 марта этого же года состоялась первая сессия, на которой был образован Совет в составе 32 депутатов. Был образован исполнительный комитет, утверждены 11 отделов (земельный, народного образования, торговый, здравоохранения, социального обеспечения, финансовый, общий, дорожный, коммунального хозяйства, сектор кадров) и 7 постоянных комиссий (бюджетная, школьная, торговая, по здравоохранению, животноводству, по местной промышленности, транспорту и связи). Председателем исполкома единогласно был избран Аюшиев Дагба Аюшиевич. С этого периода и вплоть до середины 70-х годов представительную власть осуществляли районный, поселковый и сельские Советы депутатов трудящихся.

В 1946 году Согласно Указа Президиума Верховного Совета РСФСР от 28 марта в составе Агинского района был образован Южно-Аргалейский сельский Совет за счет разукрупнения Хойто-Агинского сельского Совета.

В связи с изменением административно-территориального деления Агинского Бурят-Монгольского национального округа Агинский район был ликвидирован дважды: Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 19 июня 1948 г. № 741/4 и Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 01 февраля 1963 г. Дважды образован: Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 25 августа 1951 г. № 741/8 и Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 12 января 1965 г.

С 16 августа 1958 года Агинский район входит в состав Агинского Бурятского национального округа.

По решению Читинского облисполкома от 18 июня 1959 года населенный пункт Агинское является окружным центром Агинского Бурятского национального округа и отнесен к категории рабочих поселков, а Агинский сельский Совет переименован в Агинский поселковый Совет депутатов трудящихся.

17 мая 1962 года на территории Агинского района был образован Гунэйский сельский Совет с центром село Гунэй, выделившийся из состава Судунтуйского сельского Совета.

С апреля 1963 года Улан-Булакский сельский Совет рудника «Спокойный» был переименован в Орловский сельский Совет, в связи с переименованием рудника «Спокойный» в рудник «Орловский».

2 декабря 1965 года на территории Агинского района образован Сахюртинский сельский Совет депутатов трудящихся с центром село Сахюрта, исключенный из Урда-Агинского сельского Совета.

Поселок Новоорловск отнесен к категории рабочих поселков в 1982 году по Решению облисполкома от 17.02.1982 г. № 95-в.

Исключены из учетных данных населенные пункты: село Северный Аргалей - по решению облисполкома от 14 марта 1984 г. № 109; село Улан-Туяа - по решению облисполкома от 09 марта 1987 г. № 110.

Политические события, проходившие в советском и постсоветском пространстве, вносили изменения в название и характер деятельности представительных органов власти. Так, с 1978 по 1991гг. местную власть осуществляли Советы народных депутатов, а с 1992 года – администрации района, сел и поселков.

Указом Президента РСФСР Ельцина Б.Н. от 26 декабря 1991 года № 319 назначается Глава администрации Агинского Бурятского автономного округа.

В соответствии п.4 Указа Президента РСФСР от 22.08.1991 года № 75 «О некоторых вопросах деятельности органов исполнительной власти в РСФСР», Указа Президента РСФСР от 25.11.1991 года № 239 «О порядке назначения Глав администраций» Агинский районный Совет народных депутатов принял решение 10 января 1992 года на 6-й сессии 21-го созыва зарекомендовать на должность главы администрации Агинского района Дугарова Даши Цыденовича, и в этот же день постановлением главы администрации Агинского Бурятского автономного округа от 10.01.1992 года № 3 был назначен глава администрации Агинского района.

Решением 7-й сессии 21-го созыва от 30.04.1992 года на основании ст.31 Закона «О местном самоуправлении» по представлению главы администрации Агинского района были утверждены заместители главы администрации района. На этой сессии на повестке дня рассматривали вопросы об образовании комитета по управлению имуществом, о создании фонда имущества Агинского района, об образовании комитета по социальной поддержке населения района и о создании фонда социальной поддержки населения, о совершенствовании работы районного Совета и реорганизации постоянных комиссий, об основных положениях программы приватизации муниципальных предприятий в 1992 году и о разграничении объектов государственной собственности, находящихся на территории района на федеральную, государственную собственность округа и муниципальную собственность района, об изменениях и дополнениях в составе комиссии по делам несовершеннолетних ( КДН), об образовании комитета по экономике и финансам. На этой сессии большинством голосов председателем районного Совета народных депутатов был избран Былков Н.С. директор Орловского ГОКа, депутат. (Из документов - протоколов сессий районного Совета народных депутатов Фонда-63, Дело-890 филиала Государственного архива Забайкальского края в п.Агинское).

С назначением глав администраций районов полномочия районных Советов народных депутатов были прекращены. Правопреемником исполкомов стали главы администрации районов.

В соответствии Федерального Закона РФ от 06.10.2003г. № 131 «Об общих принципах организации местного самоуправления в РФ» и Закона Агинского Бурятского автономного округа от 22.10.2004г. № 456-ЗАО «Об установлении границ, наименований вновь образованных муниципальных образований и наделении их статусом муниципальных районов» и согласно Уставу района, принятого на сессии районного Совета народных депутатов от 22.12.2005г. определены границы Агинского района, куда входят объединенные общей территорией городские и сельские поселения, являющиеся самостоятельными муниципальными образованиями: 3 городских и 11 сельских поселений.

С 2005 года представительную власть в районе осуществляет вновь образованный Совет района, состоящий из 15 депутатов, избираемых на основании всеобщего, равного и прямого избирательного права при тайном голосовании на 5 лет. Под постоянным контролем депутатов находятся финансовые вопросы, исполнение принятых целевых программ, нормативно-правовых актов, региональных и федеральных законов.

В связи с проведением референдума по объединению Читинской области с Агинским Бурятским автономным округом и принятием Федерального Конституционного Закона от 21.07.2007 г. № 5-ФКЗ «Об образовании в составе Российской Федерации нового субъекта в Российской Федерации в результате объединения Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа в новый субъект «Забайкальский край»» Агинский район является административно-территориальной единицей Забайкальского края.

В связи с проведением референдума 02.03.2008 г. о преобразовании городского поселения «Агинское» в «Городской округ «Агинское» с 01.01.2009 г. Законом Забайкальского края от 30.05.2008г. № 2 «О преобразовании муниципального района «Агинский район» и наделения городского поселения «Агинское» статусом городского округа» муниципальное образование городское поселение «Агинское» наделен статусом городского округа. Таким образом, с 01.01.2009 г. ГП «Агинское» выходит из состава Агинского района.

В настоящее время в состав муниципального района «Агинский район» входят 13 поселений. Это два городских поселения «Орловский», «Новоорловск» и 11 сельских поселений: «Амитхаша», «Урда-Ага», «Хойто-Ага», «Челутай», «Сахюрта», «Южный Аргалей», «Цокто-Хангил», «Судунтуй», «Гунэй», «Будулан», «Кункур».

Председатели Агинского райисполкома

1. Аюшиев Дагба Аюшиевич - (1941-1942 годы)

2. Бадмажабэ Намсарай Бадмажапович - (1942-1944 годы)

3. Жамсаранов Дондок Жамсаранович - (1945 г.)

4. Муравский Л.Я.- (1945 г.)

5. Еланов Семен Дмитриевич - (1945 -1946 годы)

6. Раднаев Аюша - (1947 г.)

7. Еланов Семен Дмитриевич - (1947-1948 годы)

8. Дагбаин Чимит-Доржи Дагбаевич - (1949-1954 годы)

9. Жамсаранов Даши Гомбоевич - (1955-1963 годы)

10. Филиппов Николай Григорьевич - (1964-1976 годы)

- Батуев Бадмажаб Батуевич- заместитель председателя

11. Исаченко Михаил Андреевич - (1976 - 1978 годы)

- Батуев Бадмажаб Батуевич - заместитель председателя

- Чимитдоржиев Эрдыни Чимитдоржиевич - заместитель председателя (с 1978 года)

12. Злыгостев Валерий Михайлович - (1979 - 1984 годы)

- Чимитдоржиев Эрдыни Чимитдоржиевич- заместитель председателя ( до 1982 года)

- Аюшиев Болот Ванданович- заместитель председателя (с 1982 по 1985 годы)

13. Тумунбаяров Доржо Тумунбаярович - (1985г.)

14. Дашиев Владимир Батуевич - (1985 -1990 годы)

- Ральдин Жаргал Будаевич – заместитель председателя (с 1985 по 1986, 1988-1989 годы);

- Цэдашиев Гуродарма Цэдашиевич- заместитель председателя (1986-1988 годы).

15. Дугаров Даши Цыденович - председатель райисполкома (с 1990 по 1992 годы).

- Жигжитжапов Жаргал Сунгрупович-заместитель председателя (1990 год)

- Чимитдоржиев Эрдыни Чимитдоржиевич-заместитель председателя (с 1991 по 1992 гг) .

Главы администрации Агинского района

16. Дугаров Даши Цыденович (с 10.01.1993 по ноябрь 1996 года)

- Чимитдоржиев Эрдыни Чимитдоржиевич - заместитель главы с 1993-1996гг.)

17. Балбаров Доржинима Ешинимаевич - ( 1996 -1998 годы)

- Мижитов Сергей Ринчинович - заместитель главы (1996 год)

- Цыцыков Валерий Цыдендоржиевич- 1-ый заместитель Главы (с 1997 по сентябрь 1998 года).

18. Цыцыков Валерий Цыдендоржиевич - и.о. главы администрации (с сентября 1998 по 2002 годы). С 1999 года глава администрации был переименован на руководителя администрации.

- Намжилов Владимир Нанзатович- 1-ый заместитель главы, а затем руководителя администрации (с 1998 по 2001 годы)

19. Васильев Виктор Петрович - руководитель администрации (с декабря 2002 по октябрь 2004)

- Бадараев Баир Бальчиндоржиевич - 1-ый заместитель руководителя администрации (2002 год);

- Цыбенова Хандама Абидуевна - 1-ый заместитель руководителя (с 2003 по 2004 годы).

20. Цэдашиев Владимир Цэдашиевич - руководитель администрации Агинского района (с ноября 2004 по 2005 годы), а с 2006 года и по 30.09.2013г. - глава администрации муниципального района «Агинский район».

21. Жапов Жаргал Владимирович – 1-ый заместитель главы администрации, и.о. главы администрации муниципального района «Агинский район» с 01.10.2013г. Затем после выборов 08.12.2013г. стал избранным главой муниципального района «Агинский район».

Колхозы: